मालेगाव बॉम्बस्फोटातील आरोपी सुधाकर चतुर्वेदी यांनी निकालानंतर एटीएसवर अनेक गंभीर आरोप केले आहे. हा निकाल असता तरी अद्याप न्याय मिळाला नसल्याचेही त्यांनी म्हटले आहे. एटीएसच्या अधिकाऱ्यांनीच बॉम्ब प्लँट केला होता. हे सिद्ध झाले असल्याचा दावा देखील त्यांनी प्रसार माध्यमांशी बोलताना केला आहे. त्यामुळे या प्रकरणात न्याय मिळवण्याची मागणी देखील त्यांनी केली आहे. सुधाकर चतुर्वेदी म्हणाले की, “आम्हाला निर्दोष मुक्त करण्यात आले आहे, परंतु लढा अजून सुरूच आहे. खरे गुन्हेगार पकडले पाहिजेत. हा हिंदू- मुस्लिमचा प्रश्न नाही, तर तो जाणूनबुजून कट रचण्यात आला होता. त्यामुळे, बॉम्ब प्रत्यक्षात कोणी ठेवला हे शोधणे महत्त्वाचे आहे… ज्यांना उच्च न्यायालयात जायचे आहे त्यांना तसे करण्यास मोकळे असल्याचेही त्यांनी म्हटले आहे. भगवा आतंकवाद नावाने हे रचले गेले आहे. त्यामुळे सत्य बाहेर येणे महत्वाचे असल्याचे त्यांनी म्हटले आहे. मालेगाव बॉम्बस्फोट प्रकरणातील सात आरोपींविरुद्ध सुनावणी एनआयए विशेष न्यायालयात सुरू होती. 29 सप्टेंबर 2008 रोजी मालेगाव येथे झालेल्या भिक्खू चौक बॉम्बस्फोट प्रकरणाची सुनावणी मुंबईतील एनआयए विशेष सत्र न्यायालयात सुरू होती. सुधाकर व्यतिरिक्त, मुख्य आरोपींमध्ये भाजपच्या माजी खासदार प्रज्ञा सिंह ठाकूर, मेजर (निवृत्त) रमेश उपाध्याय, लेफ्टनंट कर्नल श्रीकांत प्रसाद पुरोहित, अजय राहिरकर, सुधाकर द्विवेदी, लेफ्टनंट कर्नल पुरोहित आणि समीर कुलकर्णी हे आरोपी होते. या सर्वांची निर्दोष मुक्तता करण्यात आली आहे. मालेगाव बॉम्बस्फोट प्रकरणात सुमारे 323 साक्षीदार होते. त्यापैकी 34 साक्षीदारांनी मुखपत्रे फिरवली. उर्वरित 289 साक्षीदारांच्या जबाबांच्या आधारे न्यायालयाने सुमारे 4-5 हजार प्रश्नांचा संच तयार केला होता. सीआरपीसीच्या कलम 313 नुसार, आरोपींना न्यायालयासमोर त्यांची बाजू मांडण्याची संधी मिळाली होती. त्यात देखील सुधाकर चतुर्वेदी यांनी बाजू मांडली होती. मालेगाव बॉम्बस्फोटात 6 जणांचा मृत्यू 29 सप्टेंबर 2008 रोजी महाराष्ट्रातील मालेगाव (मुंबईपासून सुमारे 200 किमी अंतरावर) येथे स्फोट झाला. येथील एका मशिदी जवळ एका दुचाकी मध्ये स्फोटक यंत्र बसवण्यात आले होते. या घटनेत 6 जणांचा मृत्यू झाला आणि 100 हून अधिक जण जखमी झाले होते. सुरुवातीला या प्रकरणाचा तपास महाराष्ट्र दहशतवाद विरोधी पथक (एटीएस) करत होते, 2011 मध्ये हा तपास राष्ट्रीय तपास संस्थेकडे (एनआयए) वर्ग करण्यात आला होता.
