महत्मा गांधी हत्या प्रकरणातही सावरकरांची सुटका झाली होती. मात्र कपूर आयोगाच्या अहवालात सावरकरांवर ठपका ठेवलेला होता, असे म्हणत काँग्रेस प्रदेशाध्यक्ष हर्षवर्धन सपकाळ यांनी मालेगाव बॉम्बस्फोट निकालावर काँग्रेस प्रदेशाध्यक्षांचे प्रश्नचिन्ह उपस्थित केले आहे. मुंबई रेल्वे स्फोटाच्या निकालावर राज्य सरकार सुप्रीम कोर्टात जाणार आहे तसेच मालेगाव बॉम्बस्फोटाच्या निकालावरही सुप्रीम कोर्टात जाणार का? असा प्रश्नही त्यांनी राज्य सरकारला विचारला आहे. काँग्रेस पक्ष नेहमीच दहशतवादाच्या विरोधात राहिलेला आहे. महात्मा गांधी, इंदिराजी गांधी व राजीवजी गांधी यांच्या बलिदान काँग्रेसने दहशतवादीची मोठी किंमत माजलेली आहे. या दहशतवादाला कोणताही रंग नसतो दहशतवादी हा दहशतवादीच असतो, त्याला शिक्षा झाली पाहिजे असे स्पष्ट करत मुंबई रेल्वे स्फोटाच्या निकालावर राज्य सरकार सुप्रीम कोर्टात जाणार आहे तसेच मालेगाव बॉम्बस्फोटाच्या निकालावरही सुप्रीम कोर्टात जाणार का? हे स्पष्ट करावे. असे महाराष्ट्र प्रदेश काँग्रेस कमिटीचे अध्यक्ष हर्षवर्धन सपकाळ यांनी म्हटले आहे. मालेगावात बॉम्बस्फोटाच्या निकालावर टिळक भवन येथे पत्रकारांशी बोलताना काँग्रेस प्रदेशाध्यक्ष हर्षवर्धन सपकाळ पुढे म्हणाले की, मानेगावमध्ये २००८ साली झालेल्या बॉम्बस्फोटात ६ लोक ठार तर १०० वर जखमी झाले ही वस्तुस्थिती आहे. तत्कालीन मुख्यमंत्री विलासराव देशमुख, गृहमंत्री आर. आर. पाटील व या प्रकरणाचा तपास करणारे अधिकारी हेमंत करकरे यांनी या प्रकरणाचा पाठपुरावा केला होता, त्यांचे आज स्मरण होत आहे. तसेच “केंद्रात सत्ताबदल झाल्यानंतर मालेगाव बॉम्बस्फोट खटल्यातील आरोपींबद्दल सौम्य भूमिका घ्यावी,असे तपास यंत्रणा एनआयएच्या अधिकाऱ्याने सांगितले होते”, या विशेष सरकारी वकील रोहिणी सालियन यांनी केलेले वक्तव्यही आजच्या निकालानंतर महत्वपूर्ण ठरत आहे. सपकाळ पुढे म्हणाले की, न्यायालयाने सर्व आरोपींची निर्दोष सुटका केली आहे. पण हा बॉम्बस्फोट कोणी केला? हा प्रश्न मात्र अनुत्तरीतच राहतो. सरकारची भूमिका दहशतवादविरोधी असायला पाहिजे. रेल्वे स्फोटाच्या निकालावर जर सुप्रीम कोर्टात जाण्याची भूमिका आहे तर मालेगाव बॉम्बस्फोटाच्या निकालावरही सुप्रीम कोर्टात जावे लागेल, सरकारला दुटप्पी भूमिका घेता येणार नाही. स्वातंत्र्यानंतरचा देशातील पहिला दहशतवादी नथुराम गोडसे आज जसे आरोपी निर्दोष सुटले तसेच स्वातंत्र्यानंतरचा देशातील पहिला दहशतवादी नथुराम गोडसेने महात्मा गांधी यांची हत्या केली. या प्रकरणातील ७ आरोपींपैकी ६ जणांना शिक्षा ठोठावली पण सावरकर यांची निर्दोष मुक्तता झाली. या प्रकरणातील कपूर आयोगाच्या अहवालात सावरकरांवर ठपका ठेवलेला आहे, असेही काँग्रेस प्रदेशाध्यक्ष हर्षवर्धन सपकाळ यांनी म्हटले आहे.